La Bourgogne-Franche-Comté est une région productrice d'une grande variété de légumes : légumes feuilles (salades, épinards, etc.), légumes racines (carottes, betteraves, etc.), légumes fruits (tomates, concombres, etc.), légumes fleurs (choux, artichauts, etc.), etc. La région est également réputée pour ses fruits, notamment les fraises, les cerises, les pommes et les poires.
En ce qui concerne les plantes aromatiques, la région bénéficie d'un savoir-faire ancestral dans la culture de plantes telles que le thym, le romarin, la sauge, la menthe, le persil, la ciboulette, etc. Ces plantes sont utilisées aussi bien pour la cuisine que pour la parfumerie ou la phytothérapie.